时间来到1999年，为了迎接新千年，准备跨世纪，封面设计开始尝试变革，期刊封面变为彩色靛光铜版纸，1999—2000年的期刊封面选用期刊文章中的图件，如矿物和流体包裹体。

　　封面图片：基性高压麻粒岩单偏光显微照片，具有典型的石榴石减压分解反应结构：（1）右半边是石榴石变斑晶，其中含有一组金红石包体+斜长石单斜辉石复合包体；（2）环绕石榴石斑晶为斜长石+紫苏辉石交生体，是石榴石分解产物，形成放射状后成合晶冠状环；（3）最左边绿色矿物是角闪石。变质作用时代为1.85Ga，变质作用峰期P-T条件是850℃/15Kbar。样品采自河北怀安，位于华北克拉通中部造山带北部。

　　由于本刊在2000年进入SCI数据库，期刊发展进入新阶段，知名度显著提升，来稿量激增，这也对期刊封面提出更高的要求。从2001年开始，封面设计更加注重创新多元。2003—2007年，BOB全站APP期刊每年都会制作两版封面。

　　封面图片：单斜辉石巨晶中有序排列的球状构造，球状分别由金属硫化物、氧化物及玻璃体组成。标本采自汉诺坝玄武岩中的碳酸岩筒中。

　　封面图片：中元古代硫化物中的黑烟囱构造，标本采自河北兴隆县高板河硫铁矿。

　　封面图片：取自中国大陆科学钻探工程主孔638m深度的含榴辉岩团块石榴石橄榄岩，为俯冲带之上的地幔楔状体橄榄岩，呈构造侵位于深俯冲的陆壳岩石之中。

　　封面图片：柱晶石片麻岩，柱晶石（kornerupine）是一种罕见的硼硅酸盐矿物，标本采自中国南极中山站所在地附近东南极拉斯曼丘陵泛非期的高级变质区。

　　封面图片：（1）足球状矿物：在大陆超深钻主孔（CCSD-HH）的石榴石二辉橄榄岩中选出许多球状矿物，其中有些外形十分罕见，恰似一足球，但直径仅约100μm。（2）铁磷合金：CCSD-HH石榴石二辉橄榄岩中选出的球状矿物中有一铁磷合金球，为一自然界新矿物，直径约200μm，成分单一（Fe2P），六方晶系。

　　封面图片：超镁铁球状岩（Orbicular Rocks），由镁绿钙闪石和透辉石分别组成的单层矿物，在岩浆水气压力波动下的构造陷阱中（位于两种不同成分岩浆熔体接触带），由里向外结晶形成。标本采自浙江诸暨石角村。

　　封面图片：角闪斜长片麻岩中的剪切变形构造，标本采自苏鲁超高压变质带南部。

　　封面图片：含褶皱状榴辉岩的大理岩，榴辉岩中含有柯石英，标本采自安徽大别山地区。

　　封面图片：绿柱石（海蓝宝石），采自新疆富蕴县可可托海3号脉，稀有金属伟晶岩矿床。

　　封面图片：新元古代斜长岩，由拉长石组成并与非造山岩浆有关，标本采自马达加斯加。

　　封面图片：太古宙砾岩，具有最古老的碎屑锆石年龄（4408±8Ma），标本采自西澳大利亚Jack Hills。

　　封面图片：球状花岗岩（Orbicular granite），具有罕见和神秘的构造，标本采自澳大利亚西部Magnet山附近的Boogardie。

　　封面图片：角砾状钠长岩，碳酸岩浆含钠流体的交代成因，标本采自白云鄂博矿区。

　　封面图片：内蒙古查干布拉根银铅锌矿床，菱锰矿-闪锌矿-方铅矿-硫银锡矿矿床。

　　2024年5期出版纪念希夏邦马峰登顶暨科学考察60周年专辑，特选取科考采集的高山栎化石作为专刊面封，故2024年共有两版期刊封面。